El faro del Pescador se puso en funcionamiento en el año 1864 como sustituto a una instalación anterior que indicaba de manera incorrecta la entrada a la bahía. Su integración en el programa europeo Interreg III-B 'All Lights', ha hecho que se reforme su estructura, destinando parte de sus instalaciones al 'Museo Faro del Pescador, Faro de Faros' donde se dedica una sala de exposiciones al pintor Eduardo Sanz. Junto al faro del Pescador, Santoña cuenta con el faro del Caballo que se encuentra inoperativo.