El Instituto Internacional de Investigaciones Prehistóricas de Cantabria no sólo centra sus actuaciones en las investigaciones de campo y laboratorio. Sus miembros también trabajan en la docencia especializada, concretamente, a través del Máster en Prehistoria y Arqueología, integrado en los estudios de Postgrado de Geografía e Historia de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Cantabria.

Junto al Departamento de Ciencias Históricas de la UC, el instituto lleva impartiendo este máster desde el curso 2007-2008 con la finalidad de proporcionar una formación avanzada, tanto a futuros investigadores en Prehistoria como a profesionales de la Arqueología. Para conseguirlo, el máster cuenta con un tronco común y dos ramas especializadas en Prehistoria y Arqueología.

Junto al máster, el instituto también dirige sus actividades a la formación de los propios investigadores o en actividades de transferencia de resultados de investigación, «bien sea a través de publicaciones, cursos y seminarios, o con la organización de reuniones o congresos científicos de ámbito nacional o internacional», explica su director Manuel González Morales.